合伙企业是一种常见的经济组织形式。其生产经营收入和其他收入在纳税方面具有特殊性，需要遵循“先分后税”原则上，按分配比例分配给每个合伙人，确定其应纳税所得额。
《财政部.国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税的通知(财税〔2008〕(以下简称)“文件”）就“先分后税”具体规定了原则。
一.合伙企业的纳税人
文件第二条规定：
合伙企业以每个合伙人为纳税人。合伙企业的合伙人是自然人，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织，应当缴纳企业所得税。
解析：
合伙企业本身不是纳税营收入和其他收入，合伙企业本身不是纳税人，其合伙人是纳税人。合伙人需要根据自企业所得税，这也是“先分后税”的原理。
二.“先分后税”的原则
文件第三条规定：
合伙企业的生产经营收入和其他收入“先分后税”原则。应纳税所得额的具体计算，按照《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税征收规定》(财税〔2000〕财政部、国家税务总局关于调整个人独资企业和合伙企业个人所得税扣除标准的通知(财税〔2008〕65号)有关规定的执行。前款所称生产经营收入和其他收入，包括合伙企业分配给所有合伙人的收入和当年企业保留的收入(利润)。
解析：
文件明确指出，生产经营收入和其他收入，包括合伙企业分配给所有合伙人的收入和企业当年保留的收入（利润），即合伙企业当年保留的收入（利润），即使未分配给合伙人，也应计算生产经营收入和其他收入，合伙人还应缴纳个人所得税或企业所得税。无论是否分配，算。
财税〔2008〕65号主要用于财税〔2000〕修改了91号的相关规定，财税做了修改。〔2000〕91号对合伙企业生产经营收入的计算作了具体规定，这里就不赘述了。但是，如果合伙人是自然人，需要提醒其个人所得税的计算。
根据财税〔2000〕第91号第4条规定，合伙企业每个纳税年度的总收入减去成本.与个人所得税法相比，成本和损失后的余额作为投资者的个人生产经营收入“生产个体工商户经营收入”对于应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。然而，现行的个人所得税法已经将个人所得税纳入了原来的个人所得税法“生产个体工商户.经营所得”修改为“经营所得”因此，根据现行个人所得税法，“经营所得”5%-35%的五级超额累进税率适用于应税项目。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十五条规定，取得营业收入的个人在计算每个纳税年度的应纳税所得额时，应当扣除6万元.专项扣除.依法确定的特殊附加扣除和其他扣除。在办理最终结算时，应当扣除特别附加扣除。因此，在计算个人所得税时，取得营业收入的个人没有综合收入的，在计算每个纳税年度的应纳税所得额时，可以扣除6万元.专项扣除.依法确定的专项附加扣除和其他扣除。
三.确定合伙人应纳税所得额的原则
文件第四条规定：
合伙企业的合伙人应当按照下列原则确定应纳税所得额：
(一)合伙企业的合伙人应当按照合伙协议约定的分配比例，确定合伙企业的生产经营所得和其他所得。
(二)合伙协议未约定或者约定不明确的，应纳税所得额应当按照合伙人协商决定的分配比例确定。
(三)协商不成的，按照合伙人实缴出资比例，按照全部生产经营收入和其他收入确定应纳税所得额。
(四)不能确定出资比例的，每个合伙人的应纳税所得额按照合伙人人数平均计算。
合伙协议不同意将全部利润分配给部分合伙人。
解析：
合伙人的应纳税所得额按照合伙企业的生产经营收入和其他收入的一定比例分配。分配比例的确定有优先权。也就是说，分配比例首先取决于合伙协议。如果合伙协议中有约定，则应按照约定的比例进行分配；合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商确定分配比例；协商不成的，按照合伙人实缴出资比例确定；如果无法确定出资比例，则应根据合伙人的平均数量计算每个合伙人；特别是，合伙协议不同意将所有利润分配给部分合伙人。
四.明确弥补损失的问题
第五条规定：
合伙企业的合伙人是法人和其他组织，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的损失来抵消其利润。
解析：
财税〔2000〕第91号第14条规定，合伙企业的年度损失可以用企业下一年的生产经营收入来弥补。下一年度收入不足的，可以逐年弥补，但最长不得超过5年。投资者设立两个以上企业的，不能弥补企业年度经营损失。
因此，如果合伙企业遭受损失，其损失不能按比例分配给合伙人，只能用合伙企业未来一年的营业收入来弥补。如果合伙人是自然人，当然不需要缴纳个人所得税；如果合伙人是法人和其他组织，则不得使用合伙企业的损失来抵消其利润。
五.案例分析
一个合伙企业有两个合伙人，其中一个是A有限公司，另一个是自然人李明。2019年，合伙企业生产经营总收入600万元(假设没有调整项目)，无其他收入。根据合伙协议，A公司的分配比例为40%，张三的分配比例为60%。
其他资料：
A公司2018年应纳税所得额为300万元(不含合伙企业分配所得)，企业所得税率为25%。李明没有其他营业收入和综合收入，假设其年度专项扣除和专项附加扣除总额为5万元，没有其他扣除。
1.确认营业收入和其他收入
经合伙人同意，当年分配的收入为200万元，留存的收入为400万元。
生产经营收入和其他收入，包括分配给合伙人的200万元收入和400万元的保留收入，共计600万元。
如果经合伙人协商同意，当年不进行分配，则当年保留收入为600万元，则：
企业当年留存的生产经营收入和其他收入为600万元。
简而言之，无论合伙企业的生产经营收入是否分配，未分配部分的保留均应计入所得。
2.计算合伙人的应纳税所得额
(1)甲公司为法人企业，应缴纳企业所得税，计算如下:
公司分配收入=600×40%=240万元
甲公司当年应纳税所得额=300+240=540万元
甲公司应缴纳企业所得税=540×25%=135万元
(2)李明为自然人个人，应缴纳个人所得，计算如下：
李明分配收入=600×60%=360万元
根据个人所得税法，李明分配个人收入360万元“经营所得”5%-35%的五级超额累进税率适用于应税项目。如果李明没有综合收入和其他收入，其分配收入为360万元，应扣除6万元.专项扣除和专项附加扣除50000元后，按5%-35%的5级超额累进税率计算缴纳个人所得税。扣除后，适用35%的税率。
李明应缴纳个人所得税=（3600000-60000-50000）×35%-65500=1156000元